Каподистрия ставил своей целью установление правления в Греции, способного "защитить народ и возможность доставить ему (народу) постепенно совершить дело национального и политического возрождения". В 1828 г. Николай I начал войну с Турцией, которая стала главным фактором успешного завершения борьбы Каподистрии за независимость Греции. Первая его родина была освобождена с помощью России. К этому времени он уже создал регулярную армию, учредил Национальный банк, принял ряд мер для подъема земледелия и торговли, начал раздачу крестьянам части государственных земель, конфискованных у турок, реформировал судебную и образовательную систему. В 1830 г. на Лондонской конференции Европа признала независимость Греции.
    Тем не менее западноевропейские державы видели в Каподистрии проводника русской внешней политики и соответственно стремились отстранить его от власти. Его жесткое, почти диктаторское правление вызвало волнение и внутри Греции. В 1831 г. вспыхнуло восстание. Каподистрия, как и следовало ожидать, обратился за помощью к Николаю I. Русская эскадра направилась к берегам Греции. Но 9 октября Иоанн Каподистрия был убит в Навплии братьями Мавромихалисами, связанными с английской разведкой. Так была подведена черта под жизнью и деятельностью выдающегося русского и греческого дипломата.