Каподистрия всегда выступал за создание независимого греческого государства, нужно было лишь дождаться удачного момента для реализации этого. Кажется, время пришло... Но Александр повел себя нерешительно. Вначале он вновь поддался влиянию своего "греческого министра", несшего персональную ответственность за поддержание спокойствия среди христианских подданных султана, в частности греков. Потом он увидел, что Ипсиланти провозглашает национальный суверенитет и конституцию, насквозь проникнутую революционными принципами. А Александр желал, чтобы образовалось греческое государство, находящееся под покровительством России. Кроме того, открытая поддержка греков вызвала бы неминуемую очередную войну с Турцией. Когда Ипсиланти обратился к Александру с призывом прогнать турок из Европы и обрести титул освободителя Греции, русский император ответил отказом. Он даже пошел на разрыв с Каподистриеи, но тот сам, видя свое политическое поражение при дворе, отстранился от дипломатических мероприятий. Во время частной аудиенции Александр предложил ему "для поправления здоровья" отправиться на воды, оставшись формально при своей должности. В мае 1822 г. Каподистрия уехал в Женеву. Там он заявил посланнику Ипсиланти: "Возрождение и действительная независимость народа могут быть только его собственным творением. Помощь извне может ее упрочить, но не создать".
    А междоусобная война в Греции продолжалась, и Каподистрия внимательно следил за ее развитием. Без дела он не сидел. Русский и греческий патриот, он продолжал оставаться связанным с внешней политикой как Греции, так и России. В это время его Общество любителей муз оказывало эффективную помощь повстанцам деньгами, оружием, продовольствием, направляло людей, готовых сражаться за свободу Греции (оказался там, в частности, и английский знаменитый поэт лорд Байрон. Каподистрия, по словам французских историков Лависса и Рамбо, "живя отшельником в Женеве, держал в своих руках все нити греческой революции и выжидал того момента, когда ему снова можно будет появиться на политической сцене".
    Этот момент, быть может звездный миг в жизни Каподист-рии, наступил 1 апреля 1827 г., когда в критические дни греческой революции открылся общий Национальный конгресс в городе Тризине. На нем пост первого президента Греции был предложен Каподистрии. Это был успех всей русской партии, ее внешнеполитических усилий. Новый император России - Николай I - стал проводить новый курс, не скрывая своих воинственных проектов, которые Каподистрия полностью одобрял. Среди главных целей значились: занятие русскими войсками Молдавии и Валахии, использование союзных эскадр для блокады Константинополя и Александрии, предоставление президенту Греции значительной денежной субсидии.
    Сам Каподистрия развил в Греции бурную деятельность. Он резко выступил против монархического правления, отвергая предложение союзников передать корону английскому кандидату - принцу Леопольду Саксен-Кобургскому. Он заявил, что греческий народ имеет право высказаться насчет своей будущей судьбы и что конституция должна подвергнуться свободному обсуждению народных представителей. Леопольду же он предложил принять для начала православие, а позже сам пригласил его в Грецию, но при этом столь искусно описал ему в самых мрачных тонах нищету и анархию этой несчастной страны, недисциплинированность и варварство его будущих подданных, что принц, и без того не слишком расположенный связывать свою судьбу с этим народом, решительно отказался от греческой короны.